Наряду с подготовкой кадров, Институт агроинженерии ЮУрГАУ занимает ведущие позиции по научным исследованиям в технической и технологической сферах агропромышленного комплекса Российской Федерации, тем самым содействует укреплению продовольственной безопасности России.

В ИАИ ЮУрГАУ научные исследования выполняются по федеральным, региональным, ведомственным и областным целевым комплексным программам. Многие из них, как, например, концепция развития Уральского регионального сельскохозяйственного машиностроения, энергосбережения в АПК и комплексные производственные испытания технологии уничтожения сорной растительности, разработаны под научным руководством ученых академии

Кадровый потенциал научных сотрудников и профессорско-преподавательского состава позволяет в полном объеме проводить научные исследования по всем направлениям агроинженерии, экономики, педагогики, истории, земледелия и другим отраслям АПК.